前言：
在99年12月13日由莫拉克重建委員會召集各部會代表針對永久屋基地的永續社區規劃進行討論，重建會副執行長陳振川對於屏東縣政府未為發揮溝通協調的功能，以及對永久屋社區未有整體性規劃、想法，感到失望。
但在100年1月24日更讓人感到失望的是，在承接第二期永久屋工程的紅十字會與長老教會與建築規劃團隊詹勳次建築師事務所，從去年開始遴選建築師到今年度工程進度已進入到部落開相關說明會前一刻，卻臨時被屏東縣政府告知：「所有的協商規劃都要重新來過。 」
在被要求要重新規劃的內容中，令援建單位質疑的是：
（1）從一開始就安排第二期工程會規劃出教堂用地，如今在新的規劃空間上，卻完全沒有教堂空間的配置與保留。
（2）屏東縣政府還表示有部分用地是要留給第三期。霧台鄉長顏金城也提出質疑的表示，第三期要給誰住都不知道？！
長治百合部落第二期援建單位表示，為什麼蓋教堂的面積不能比較瑪家農場來平均規劃？居民表示教會空間的配置相差太多，實在太過分！第三期的災民又是誰？鄉長表示已經沒有那麼多災民，再來鄉公所也不知道第三期的援建單位是誰？而「第三期」的工程屏東縣政府是否已找到相關援建單位來支援鄉工程經費？！
第二期106戶永久屋以及各部落教會位置全盤變更
原本遴選出的詹勳次建築團隊已規劃好長治百合園區第二期永久屋配置基地，並準備開工，屏東縣政府卻在24日開會當天才告知要推翻規劃內容，永久屋基地的配置空間必須重新規劃。包含建築師以及承接第二期工程的捐助單位也表示，這樣的溝通方式簡直是莫名其妙。
當場，援建單位紅十字會以及長老教會馬上現場提出抗議表示，經過這麼久的協商，建築師也已經將永久屋配治的空間規畫出來，承辦單位客家事務處提出此一變更方案，讓當天參與此會的各相關單位都感到非常訝異。
而援建單位也提出相關證明表示，在收到12月24日屏東縣政府來函的公文說明二中也清楚寫出，「為使遷建災民心靈有所歸屬，各教會擬於基地內規劃興建教堂乙案，請 貴會依據旨揭教會教堂興建核配土地面積表，將興建間數、面積及基地配置位置報送本府，俟基地第二期建築師遴選完畢後，一併納入整體規劃。」
在公文中，屏東縣政府發文單位表示遴選出之建築師應規劃出教會用地，但在24日中的規劃配置中卻沒有教會建築空間的保留用地。第二期永久屋工程也因為24日的變更計畫改變，原來預定在27日建築師將與部落召開永久屋說明會之相關會議也因而取消。
除此之外詹勳次建築師事務所早已將建築配置的基地以及永久屋都已做好的模型也都將面臨尚未與部落居民說明就無法使用的窘境。
屏東縣政府土地變更此一舉動，延宕第二期永久屋興建的時間，也消耗掉製做模型的精神與材料費用。「那這樣的損失誰要賠償？！」第二期援建團體斥怒屏東縣政府客務處未做事前協商的溝通方式。
援建單位也很明確表示，「已經付出去的成本、建築師規劃以及模型的成本，若是屏東縣政府沒有提出合理的說明，將要提出國賠的方式求償所有的損失！」
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長治百合部落第二期永久屋基地土地變更計畫協商破裂。吳榮標牧師表示，「在眼前的問題，變的更無法解決。他更表示，應該先安置第二期的災民才是解決問題的根本，到目前為止都還沒有第三期的問題！！」
屏東縣政府曾表示，「慈濟沒有蓋的地方，你們都可以蓋。」
得知屏東縣政府客務處將在2月1日前完成土地變更計畫。長治百合部落居民也表示，要在2月1 日前決議出居民的意見並且向屏東縣政府陳情。
從去年8月到今年的1月24日，屏東縣政府才提出說要變更開發計畫。第二期援建單位表示，在開發計畫一開始，主要規劃單位一定會告知規畫者，「哪裡可以蓋，哪裡不可以蓋。」去年接到規劃通知時，縣政府表示慈濟沒有蓋的地方，你們都可以蓋。 等到規劃好後，卻又全部翻盤，令人非常氣憤。
第三期給誰住？！
協商當天屏東縣政府才表示部分用地是要留給第三期。援建單位也提出疑問表示，備災用地若是要留給第三期，為什麼連霧台鄉鄉長也不知道第三期的災民是誰？
而新規劃的土地變更計畫若是備災用，是否有備災用地過多之矛盾現象出現？！在1月12日的報導中，記者曾經訪問阿禮部落包明堂代表也曾經表示，未來霧台鄉的備災避難安置空間將會安排在麟洛鄉的隘寮營區，為何又要在永久屋基地的空間配置備災空間？
吳榮標牧師也表示，在眼前的問題，變的更無法解決。他更表示，應該先安置第二期的災民才是解決問題的根本，到目前為止都還沒有第三期的問題！！
援建單位與建築師溝通出來的作業流程進度，原本預定在今年6月可完工，卻因為土地變更計畫延遲興建工程計畫。不但如此，原本屏東縣政府承諾長治百合居民的教會建築用地也在屏東縣政府客務處重新規劃的配置圖中消失。
為什麼突然叫我們改，也沒做先行的溝通？
長治百合部落的援建單位與鄉公所都提出質疑，為何土地變更都沒有事先做溝通協商？而瑪家農場(禮納里部落)與長治電台(長治百合部落)兩個永久屋的基地都差不多，為什麼在教會坪數的配置卻相差甚遠？甚至在24日變更的圖中也沒有各部落的配置空間與預留空間。
瑪家農場(禮納里部落)與長治電台(長治百合部落)永久屋基地比較表：
| 基地名稱 | 基地面積 | 教堂數 | 教堂總面積 |
| 長治電台 | 29.8公頃 | 9間 | 1079坪 |
| 瑪家農場 | 29.9公頃 | 9間 | 2383.94坪 |
從上面的比較表中，兩處永久屋基地空間一樣大，在教堂空間的配置上卻相差到一半的面積差距。
沒有那麼多的災民！
援建單位都已經準備好，建築規劃團隊設計圖以及模型也都已經做好，原來預定1月27日、2月10日與3月初召開的說明會，都在無告知的變更計畫下產生變數。對於屏東縣政府臨時變更土地計畫，而連鄉長也都表示沒有那麼多的災民！
為什麼蓋教堂的面積不能比較瑪家農場來平均規劃？居民表示教會空間的配置相差太多，實在太過分！第三期的災民又是誰？鄉長表示已經沒有那麼多災民，再來鄉公所也不知道第三期的援建單位是誰？「第三期」的工程屏東縣政府是否已找到相關援建單位來支援鄉工程經費？！
長治百合部落的第二期興建期程，在24日的談判破裂後，將有所變動。而第二期居民在得知相關消息之後，也將與援建單位在27日討論後續相關問題，記者將會繼續追蹤相關報導。
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第二期援建團體斥怒屏東縣政府客務處未做事前協商的溝通方式。也很明確表示，「已經付出去的成本、建築師規劃以及模型的成本，若是屏東縣政府沒有提出合理的說明，將要提出國賠的方式求償所有的損失！(上圖為建築師事務所預計27日與部落召開說明會的設計圖)
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屏東縣政府承諾長治百合居民的教會建築用地也在屏東縣政府客務處重新規劃的配置圖中消失。(上圖為24日突然變更的土地變更計劃圖)