長治百合部落園區的二期永久屋在今年四月份動工興建，期間因雨延誤工程進度，但目前工程已進入最後階段，本月26、27兩天將先讓住戶進行自主檢查，聖誕節前夕就可先讓居民入住，明年初舉辦入住儀式，二期的永久屋在房屋的外觀上採用較為鮮豔活潑的米白色，同時漆上具有部落特色的菱形圖案，台灣基督長老教會傳道陳玫君表示，二期的永久屋一樣有三種坪數，但14坪的戶數不到十戶。
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陳玫君說明，二期的永久屋是由紅十字會與台灣基督長老教會共同援建，計畫之初，長老教會認為A型（14坪）的房型並不符合居住需求，而吉露、阿禮屬於遷村型聚落，但相關的法源並不明確，紅十字會方面擔心在這樣的前提下興建遷村型的永久屋恐有疑慮，最後在兩會協調討論後，二期於焉開始。
興建的戶數名單則是由鄉公所與縣政府提供，陳玫君提到，當時接到名單後，針對14坪的住戶進行訪談，確認實際居住情形是否與A型的設計規劃相符，最後再將電訪結果提交給鄉公所與縣府，「那個時候我也有跟居民說，我不能代表政府，所以開會那一天，你們還是要自己出席去表達你們的想法，我所能做的是把我今天知道的狀況告訴他們（公部門）。」
而這樣的動作也確實充分掌握實際居住需求，許多Ａ型的住戶都因為這個動作以及自己站出來爭取，因而有了B型（28）坪的房子。
雖然入住在即，在長治也可看到二期的房子窗戶已貼上未來將入住的住戶姓名，但陳玫君也直言，遷村型的阿禮、吉露的入住名單仍未完成，關鍵在於部落內部仍未有共識，部分居民可能因為不知道申請二期的截止時間、可能不知道自己可以申請等等對相關資訊的不瞭解，都是影響的因素。
在二期的永久屋中，也有居民是在一期時就已獲配永久屋，但因為當時的核定坪數與居住人數不符的情況下拒絕拿鑰匙，選擇等待二期永久屋，賴明鳳即是一例，家中有四人卻在一期時核配到14坪房子的她，當時選擇放棄，不少人勸她「就拿鑰匙吧！萬一沒有房子怎麼辦？」她說自己當時堅持要等下去，「我相信上帝不會丟下我一個人，我也等到了。」未來她將入住二期的28坪房屋。
未來的長治百合部落，陸續會有10座教堂的工程要進場，陳玫君表示，70人以下的教會空間為50坪，70人以上的則有100坪的空間，而全為RC（鋼筋混凝土）的二期永久屋，不論坪數全為二層樓屋舍，且坪數即為居民的實際居住空間，陽台等都不算在坪數當中。
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